蜂蜜分层的原因有两种：一是蜂蜜结晶，但是不影响食用;二是因为春天温度回升蜂蜜结晶开始融化，分成上层液体下层固体的状态，一般没有酸味就是正常化可以食用的。
原因一：蜂蜜结晶
蜂蜜分层原因之一是蜂蜜结晶，但是蜂蜜没有完全结晶。蜂蜜的结晶形态为未结晶，开始结晶，半结晶，完全结晶，在蜂蜜半结晶和开始结晶时装瓶就会是分层现象，上面是液体下面是固体。
蜂蜜结晶与蜂蜜含有的葡萄糖含量有关，在条件适宜的情况下，蜂蜜中的萄萄糖小结晶会核析出，逐渐增多形成结晶体母，然后缓慢沉降，从底部开始结晶，所以出现了分层的情况。
原因二：温度升高
蜂蜜分层还是因为天气太热，结晶的蜂蜜化开了一部分。由于蜜源植物不同，蜂蜜结晶的情况也不同，有时在温度较高时，有的结晶蜂蜜上层会化开一部分，形成分层，这都是正常现象。
在气温慢慢升高时全结晶的蜂蜜上部会融化，融化了的蜂蜜口感喝起来偏稀，另外蜂蜜自身度数高的话融化的并不多，分层现象是天然蜜必须经历的一个过程，只要是没有发酵变酸的味道，都不会影响食用。