历史上诸葛亮因操劳过度，导致旧病复发病死于五丈原。但是具体病因是什么，包括《三国志》在内的史书资料都没有提及，不过根据诸葛亮生前的生活习惯来看，他死于消化系统疾病和心脑血管疾病的可能性很大。诸葛亮年轻时经常驾小舟出游，生活没有规律，身体长时保持这样的姿势影响食物消化。
蜀国中期，多员大将的离世，再加上几次北伐的失败，让诸葛亮的内心世界崩溃脆弱到极点。最终由于心病加上旧疾，诸葛亮病逝于五丈原，终年54岁。诸葛亮遗言命令部下将自己葬在汉中定军山，依山势修建坟墓，墓穴仅能容纳下棺材。
诸葛亮曾经上表指出自己没有多余财产，只有800株桑树和15顷土地，而自己穿的都是朝廷赐封，就算儿子都是自给自足，自己没有一点多余的财产。果然，诸葛亮直至死时也是如此，甚至在临死前，也吩咐了他下葬时只需要挖洞一个，棺木能够放进去便足够，自己则穿着平常的服装即可，不须要其他配葬物。武侯墓在定军山勉县。
诸葛亮是三国时期杰出的政治家和军事家，身为丞相，诸葛亮深知：“屋漏在下，止之在上，上漏不止，下不可居也。”他不仅带头廉政，树起一面旗帜，同时还把廉政作为一项重要的政治、法律建设来抓，对蜀汉政治、经济、军事、文化的方方面面，都产生了重大影响。